Die frischen oder getrockneten Blätter und die blühenden Triebe werden als pflanzliches Arzneimittel eingesetzt.Medizinisch verwendet werden die zur Blütezeit gesammelten oberirdischen Pflanzenteile.Honigklee wird vor allem äusserlich in Form von Auflagen,Kräuterkissen,Salben und Pflastern gegen Schwellungen,Entzündungen und Wunden eingesetzt.
Das im getrockneten Zustand stark riechende Kraut kann gegen Motten und Schaben in Kleiderschränke gelegt werden.
Aus geschnittenem Steinklee wird Heu oder Silage bereitet.Durch das beim Trocknen der Pflanzen freiwerdende Cumarin bekommt das Heu den typischen Heugeruch,beziehungsweise es duftet nach Waldmeister.